Introducción a Linux para Bioinformática

Manual de Bioinformática

Autor
Afiliaciones

Héctor Fabio Espitia-Navarro

Grupo de Investigación Salud Pública, Universidad de Nariño

Corporate Research Materials Lab, 3M Company

Fecha de publicación

2023

Bienvenid@

Este es “Introducción a Linux para Bioinformática”, un manual creado con la finalidad de proveer conceptos básicos del sistema operativo (SO) Linux y su uso, orientados a la ejecución de tareas de bioinformática. El manual cubre las tareas más básicas de Linux comúnmente utilizadas en análisis básicos de bioinformática, como el uso de la línea de comandos para la manipulación de archivos, directorios y texto.

Por qué leer este manual

Aunque existen herramientas gráficas para bioinformática, el uso de sistemas operativos parecidos a Unix, tal como Mac o Linux, es el estándar actual para practicar la bioinformática. La mayoría de herramientas bioinformáticas se han desarrollado como programas basados en línea de comandos que se ejecutan en SOs como Linux. Así, la utilización de estas herramientas depende de las habilidades del usuario en la línea de comandos.

Este manual proveerá los conceptos y habilidades básicas para sacar provecho de Linux como una plataforma poderosa para el análisis y la administración de datos biológicos. Al terminar el manual, el lector podrá instalar Linux, estará familiarizado con el entorno de trabajo de línea de comandos, podrá manipular archivos, directorios y textos, y realizará comandos útiles para tareas básicas de bioinformática.

Prerrequisitos

EL manual está destinado para ser ejecutado en el sistema Operativo (SO) Linux. Específicamente, se usó la distribución Ubuntu Linux 20.04 para desarrollar este manual. En el Capítulo 2 econtrará las instrucciones para instalar Linux.

Convenciones del manual

Tipografía

Las siguientes convenciones tipográficas son usadas en este manual:

  • Cursivas. Se usan para indicar:

    • Palabras escritas en idiomas diferentes del español (p. ej. prompt, o forward)

    • Expresiones aritméticas (p. ej. \(Q \ge 20\)).

  • Negrillas. Se usan para representar:

    • Teclas (p. ej. ENTER)

    • Conceptos que se definen por primera vez

  • Fuente monoespaciada. Se usan en:

    • Nombres de archivos y directorios (p. ej. /ruta/al/archivo.txt, o Documentos)

    • Nombres especiales (p. ej. ambientes conda: base)

    • Nombre de comandos (p. ej. ls).

    • Bloques de órdenes de línea de comandos y su salida. Por ejemplo:

      ls -l /home
      total 4
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  • Hipervínculos (links): enlaces a partes de este documento (internos) o a otros sitios Web (externos).

Bloques especiales

Textos con información de especial atención se presentan en bloques (recuadros) especiales que se diferencian por su color. Existen cinco tipos de bloques especiales:

Este es un ejemplo de una nota.

Importante

Este es un texto que corresponde a una información importante.

Tip

Así se ven los consejos o trucos

Precaución

Este bloque denota una información de precaución

Advertencia

Este bloque denota una información de advertencia.